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illumina二代測(cè)序儀

更新時(shí)間:2022-06-12

簡(jiǎn)要描述:

illumina二代測(cè)序儀MiSeq系統(tǒng)可通過各種測(cè)序應(yīng)用為您的研究提供便利。它能夠自動(dòng)生成雙端read,每次運(yùn)行的產(chǎn)出高達(dá)15 Gb,每條read可提供600多個(gè)堿基的測(cè)序數(shù)據(jù)。它使用的文庫制備試劑盒已針對(duì)多種應(yīng)用進(jìn)行了優(yōu)化,包括靶向基因測(cè)序、小型基因組測(cè)序、擴(kuò)增子測(cè)序、16S宏基因組學(xué)等。

Illumina公司推出MiSeq是一臺(tái)在單個(gè)儀器上整合了擴(kuò)增、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析的新款測(cè)序儀,每次運(yùn)行能產(chǎn)生超過1Gb的數(shù)據(jù),且占地面積僅為2平方英尺。MiSeq的流程和準(zhǔn)確性,讓它成為快速且經(jīng)濟(jì)的遺傳分析的理想平臺(tái),適合廣泛的應(yīng)用。同時(shí)Illumina已被FDA大量采購并即將通過FDA認(rèn)證,12年10月,MiSeq系統(tǒng)的測(cè)序通量已升級(jí)至8G左右。升級(jí)通過兩個(gè)方面完成,一個(gè)是cluster密度的增大,升級(jí)后cluster密度增加至15-17million,而pair-end讀取的reads數(shù)目將會(huì)增加至30-34million;另一方面是通過測(cè)序讀長(zhǎng)而提升通量,測(cè)序讀長(zhǎng)達(dá)到2*300bp,同時(shí)測(cè)序速度也有所提升。目前,Broad研究院已經(jīng)利用現(xiàn)有試劑實(shí)現(xiàn)了單端測(cè)序300bp讀長(zhǎng),Illumina目前內(nèi)部測(cè)序更是完成了2*400bp的pair-end測(cè)序。而這些,都是保證在高質(zhì)量數(shù)據(jù)結(jié)果的前提下完成的。


MiSeq性能參數(shù)


Illumina MiSeq測(cè)序時(shí)間和數(shù)據(jù)量


讀長(zhǎng)(bp)時(shí)間總數(shù)據(jù)量Q30
1×36~4 hrs540-610 Mb﹥90%
2×25~5.5 hrs750-850 Mb﹥90%
2×100~16.5 hrs3.0-3.4 Gb﹥85%
2×150~24 hrs4.5-5.1 Gb﹥80%
2×250~39 hrs7.5-8.5 Gb﹥70%



Illumina MiSeq讀取量比對(duì)


運(yùn)行類型通過過濾的讀?。ò偃f)
升級(jí)前升級(jí)后
單端讀取5-7 M15-17 M
末端配對(duì)讀取10-14 M30-34 M


工作流程


illumina二代測(cè)序儀 MiSeq四大特性

1、較短的實(shí)驗(yàn)周期:從樣品制備開始需要8小時(shí)即可得到超過100M的高質(zhì)量測(cè)序結(jié)果。

2、便捷的樣品制備流程:需50ngDNA模板,2小時(shí)的自動(dòng)化操作就可以完成全部樣品制備工作。

3、測(cè)序原理:MiSeq繼續(xù)GA和HiSeq平臺(tái)的邊合成邊測(cè)序的化學(xué)原理。

4、完整的整合功能:MiSeq可以獨(dú)立完成簇生成,雙向測(cè)序及數(shù)據(jù)分析工作,讓經(jīng)費(fèi)和實(shí)驗(yàn)室空間不再成為NGS研究的障礙。


illumina二代測(cè)序儀 MiSeq應(yīng)用范圍

1、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

派森諾MiSeq測(cè)序平臺(tái)是基因組已測(cè)序物種的轉(zhuǎn)錄組分析平臺(tái)。公司技術(shù)團(tuán)隊(duì)目前已完成了包括斑馬魚在內(nèi)的多種植物、動(dòng)物的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析。


2、宏基因組16S rDNA單V區(qū)測(cè)序

對(duì)16s rDNA的單V區(qū)(V3\V4)進(jìn)行高通量測(cè)序,鑒定細(xì)菌群和古生菌群。派森諾的技術(shù)團(tuán)隊(duì)使用Illumina MiSeq測(cè)序16S rDNA V4區(qū)并結(jié)合Roche 454 FLX+測(cè)序16S rDNA V1~V3區(qū)成功的對(duì)雞的腸道環(huán)境細(xì)菌進(jìn)行了鑒定。


3、Small RNA測(cè)序

1*35bp的讀長(zhǎng)配合了小RNA的測(cè)序長(zhǎng)度,速度快,靈敏度高。派森諾的技術(shù)團(tuán)隊(duì)目前已完成了鵝的小RNA測(cè)序和多種中草藥的小RNA測(cè)序。


4、重測(cè)序:包括全基因組重測(cè)序、簡(jiǎn)化基因組測(cè)序、外顯子測(cè)序。

Illumina MiSeq非常適用于對(duì)微生物基因組的重測(cè)序,每次運(yùn)行即可完成一個(gè)微生物基因組測(cè)序。2011年12月27日,派森諾的技術(shù)團(tuán)隊(duì)利用MiSeq一次運(yùn)行同時(shí)完成了乳酸菌(Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8)的重測(cè)序,基因組覆蓋深度為分別為404倍和213倍,比對(duì)至參考序列,基因組實(shí)現(xiàn)全覆蓋,同時(shí)檢測(cè)到了多種結(jié)構(gòu)變異,包括插入、缺失和SNP位點(diǎn),并且檢測(cè)到了全部質(zhì)粒。


數(shù)據(jù)展示

* 以上產(chǎn)品介紹及數(shù)據(jù)來源于Illumina,僅供參考,以Illumina為準(zhǔn)。



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